همه جا اهالى بخارا فوج فوج به دور شاه مراد جمع شده و محبّت او را در دل مىداشتند . آن روز تا قريب به شام ، شاه مراد در كوچه‌ها گردش كرده از مردم بخارا به جهت پدر خويش حلّيّت مىطلبيد . نزديك غروب آفتاب دوباره به جامع بزرگ مراجعت كرد و تا مدّت يك سال ديگر به تحصيل علوم پرداخته ، به همان قرارى كه داشت روز مىگذرانيد . در زمان تحصيل كتاب الحكمت را تأليف نمود كه تا كنون در بخارا مطبوع خاص و عام مىباشد . القصّه ، سركشان و گردن فرازان اين وقت را غنيمت شمرده از هر طرف لواى گردنكشى بر افراشتند . بزرگان بخارا بر خود ترسيده به انديشهء عاقبت كار افتاده ، پس اعلى و ادنى از عالم و فاضل و بزرگان همگروه به جامع بزرگ نزد شاه مراد رفته ، او را به سر دخمه يا مقبرهء پدرش دانيال آتاليق برده و سوگندهاى مؤكّد به وى دادند كه از ملتمس آنها سر نپيچد و حكمرانى بخارا و جلوس به جاى پدر را قبول نمايد . شاه مراد به اين شرط قبول نمود كه كار به شورا نمايد . پس همگان به عهد و پيمان سوگند ياد نمودند كه از گفته و فرمودهء وى تجاوز ننمايند ، امر و نهى او را واجب دانسته ، تمرد نكنند . پس شاه مراد با تمام علما و بزرگان و سرداران به ارگ شتافته به تخت پدر جلوس نمود و فرمان داد تا چند تن از خائنان را دستگير نموده ، بعد از ثبوت نمودن گناه ، آنها را به قتل رسانيدند و خانمان آنها را به باد غارت و يغما دادند . پس شاه مراد را آگاهى دادند كه نياز على اوزبيك در شهر سبز از عهد دانيال آتاليق تا كنون رايات طغيان افراشته ، طرق را مسدود و مسافرين را دستگير و غارت مىنمايد ، قرا و قصبات را تاراج مىنمايد . شاه مراد به محض استماع اين خبر حكم به احضار و تدارك لشكر نموده بدون درنگ به شهر سبز تاخت ؛ نياز على را دستگير و بسيارى از متابعين او را طعمهء شمشير نموده ، ممالك متصرّفهء او را به تحت تصرف در آورده ، از جانب خود يكى از معتمدين را با لشكرى كافى در آنجا گذاشته به بخارا مراجعت نمود . مير يوسف على كه يكى از مؤرّخين مشهور بخاراست چنين نگاشته كه : چون شاه مراد نياز على را در شهر سبز دستگير نمود و امورات آن حدود را به سامان نهاد به بخارا مراجعت كرد . تمام مهام و امورات ملكى را به ابو الغازى سپرده او را وزير اوّل